Sau khi Trịnh Tùng chiếm được Thăng Long (1592) và giết cha con Mạc Mậu Hợp, năm 1593, Lê Thế Tông được rước về Thăng Long. Nhưng lúc đó thế lực họ Mạc vẫn rất mạnh ở bên kia sông Hồng, thường tập hợp tấn công trở lại. Vì vậy Trịnh Tùng vài lần phải rước vua Thế Tông trở về căn cứ Thanh Hóa.

Vài năm sau, thế lực họ Mạc suy yếu hẳn, chỉ có ảnh hưởng quanh khu vực Cao Bằng, Thái Nguyên, vua Lê lại được đưa trở về Thăng Long.

Do họ Mạc từng được nhà Minh nhận hàng (năm 1540 khi Mạc Đăng Dung lên biên giới xin quy phục) và khi thất thế chạy sang Trung Quốc báo với nhà Minh, vua Minh chưa công nhận nhà Lê trung hưng ngay. Tháng 3 năm 1597, nhà Minh sai ủy quan là Vương Kiến Lập đến trấn Nam Giao đòi lễ cống và hội khám (diễu binh). Ngày 28 tháng 3, Thế Tông thân đốc hữu tướng Hoàng Đình Ái, thái úy Nguyễn Hoàng, Nguyễn Hữu Liêu cùng tả hữu đô đốc 7, 8 viên, voi và 5 vạn quân đến trấn Nam Giao đề phòng khi mở cửa quan, hội khám quân Minh tràn sang giúp phía Mạc lưu vong bắt vua, hiếp tướng. Hoàng Đình Ái đề nghị với Trịnh Tùng được tùy nghi đối phó, Trịnh Tùng đồng ý.

Tại cửa ải Nam Quan, ủy quan Vương Kiến Lập cùng tàn quân Mạc trông thấy quân Lê đông đúc, binh hùng tướng mạnh, phải lẳng lặng từ bỏ những ý đồ đánh chiếm. Cuộc hội khám cử hành đúng nghi lễ, từ đó nhà Minh phải công nhận nhà Lê, nhưng vẫn can thiệp để họ Mạc được giữ đất Cao Bằng tới gần 80 năm nữa.

Các chúa Bầu họ Vũ ở Tuyên Quang, vốn ủng hộ nhà Lê trung hưng khi nhà Mạc còn ở Thăng Long, từ khi nhà Lê trở lại Thăng Long lại ly khai, tiếp tục cát cứ và liên kết với họ Mạc chống nhà Lê. Họ Vũ còn chiếm giữ Tuyên Quang thêm 100 năm sau mới bị dẹp hẳn.

Vì vậy từ khi nhà Lê trở lại Thăng Long, tuy trên danh nghĩa đã thống nhất Đại Việt, nhưng riêng tại Bắc Bộ bị cắt hai vùng Tuyên Quang, Cao Bằng do họ Vũ và Mạc chiếm đóng. Ngoài ra, một nguy cơ chia cắt mới tiềm ẩn ở phía nam, do công thần họ Nguyễn mâu thuẫn với công thần họ Trịnh và ngấm ngầm ý định ly khai.